Varjatud toidutalumatusel võib olla geneetiline eelsoodumus. Seda põhjustavad ka halvad toitumisharjumused, soolestiku funktsioonihäired, toiduvärvid, säilitusained ja ka organismi stress. Nendel kõigel on mõju soolestiku mikrofloora tervisele. Näiteks antibakteriaalne ravi pärast mõnda haigust või kroonilise soolepõletiku põdemine võib tekitada düsbioosi. Üheks tagajärjeks on lekkiv sool. Sellisel juhul pääsevad võõrkehad läbi soolebarjääri vereringesse, kutsudes esile organismi immuunreaktsiooni. Sellised võõrkehad võivad olla ka liiga suured toiduosakesed.