Puugid võivad levitada nii puukentsefaliiti kui ka puukborrelioosi.
Puukentsefaliidi vastu on võimalik end kaitsta kaitsesüstimisega, kuid puukborrelioosi vastu vaktsiin puudub.

Vaktsineerimine on ennekõike vajalik puukentsefaliidi ohualade piirkondades elavatele püsielanikele, eriti lastele, kuna lapsed on enamasti aktiivse eluviisiga ja viibivad tihedamini looduses. Ka enne maale või laagrisse saatmist peaksid vanemad oma lapsed laskma ära vaktsineerida.

Laste vaktsineerimisega soovitatakse algust teha juba esimesest eluaastast alates.Terviseameti sõnul on ohustatud ka üle 60 aasta vanused inimesed,  kes viimastel aastatel on rohkem haigestunud. Lisaks neile on riskirühmas veel metsatöölised, kaitseväelased, piirivalvurid, jahimehed ja suvel ohupiirkondades liikuvad puhkajad.

Samuti peaksid ennast vaktsineerima need, kel kavas reis puukentsefaliidi ohualadele Kesk- ja Ida-Euroopas, Skandinaavias, Leedus ja Lätis.
Eestis on enim puukentsefaliiti nakatunud inimesi Saaremaal, Ida- ja Lääne-Virumaal, Läänemaal, Pärnumaal ja Tartumaal, kuid ohupiirkonnaks võib nimetada kogu Eestit.

Puukentsefaliidi vastane täielik vaktsineerimine koosneb kolmest süstist.
Kaks esimest tehakse ühe- kuni kolmekuulise vaheajaga, kolmas üheksa kuud kuni aasta hiljem. Pärast kahte süsti on immuunsus hea, kuid kestab ainult ühe hooaja, seepärast tulebki immuunsuse pikendamiseks kolmas süst teha.
Iga kolme aasta pärast on vaja teha kordussüst. Nii et ka need, kel on vaktsineerimiskuur pooleli – on vaja teha kolmas kaitsesüst – või on viimasest kaitsesüstimisest möödunud kolm aastat, peaksid juba praegu pöörduma arsti poole süsti saamiseks.